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O Setor de Controle de Endemias foi criado em 2.001 e funciona em uma sala do Pronto Atendimento "Davi Gustavo". O  Sr. Ailton Souto Picalho, é o coordenador desde a criação do setor e compõe a equipe os agentes de  Controle de Endemias:

Lindomar Costa Nogueira;

Renata Fernanda Santos Souza de Moura;

Magda Martins Moreira e

Liriam Cristina Golvea da Silva. 

  Os Agentes de Controle de Endemias (ACE) trabalham como mediadores na área da saúde básica. Sendo muitas vezes, o principal acesso aos programas de saúde para pessoas que vivem em comunidades carentes ou mais afastadas, por meio de visitas às residências das famílias ou em ações informando-as sobre a prevenção de doenças e melhorando a qualidade de vida.

 Os Agentes de Controle de Endemias  realizam visitas em imóveis para detectar possíveis focos de mosquitos  aedes aegypti e aedes albopictus nos depósitos que acumulam água parada, aplicando larvicida e Inseticidas quando necessário.  Essas atividades são fundamentais para prevenir e controlar doenças como dengue, zica vírus, chicungunya, chagas, leishmaniose e malária.

 O Setor de Controle de Endemias de Nova Marilândia, realiza também  outros trabalhos visando o bem estar da população como: entrega de cal virgem para controle do caramujo africano,  vacinação anti-rábica animal na zona urbana e zona rural, coleta de amostras de água para consumo humano para análise e coleta de pneus.